SARS-Panel Pseudovirus Standard Reference
CBV30024
| I. 背景 | |
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Severe acute respiratory syndrome (SARS)于2003年二月在亞洲第一次被報道，繼而傳播到全球十幾個國家，SARS屬于一種冠狀病毒，是一類具有囊膜、基因組為線性單股正鏈的RNA病毒，對應的結構示意圖如下：
根據(jù)CDC和WHO的介紹，針對SARS的核酸診斷一般是針對ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N、Gene M和Gene E， Gene S更多用于對應藥物和疫苗的開發(fā)。NCBI收錄序列為NC_004718.3，全長29751bp，基因編碼4個結構蛋白：S，M，N和E。 試劑盒的檢測限問題，是造成假陰性的最大根源，因此針對診斷產(chǎn)品的檢測限，我們需要認真做每款試劑盒的性能評價。以往針對檢測限的性能評價，一般是選擇體外轉錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標準品，用于性能評價。但是兩者都具有很明顯的確定，首先體外轉錄的RNA，一般是很純，單一，不涉及提取，不符合臨床病毒的微環(huán)境，因此必然造成檢測靈敏度被高估，這也是存在高概率假陰性的主要原因；再次臨床陽性病毒，即使是滅活的病毒，也是存在很大的生物安全隱患，因此要求實驗室級別為P3-P4，大部分開發(fā)診斷試劑盒單位都不滿足改要求，另外臨床陽性病毒也是來源很有限，不能被穩(wěn)定供應，反復用于試劑盒的性能評價。 |
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| II.產(chǎn)品描述 | |
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有病毒的完整包膜結構，有SARS對應的核酸序列，但是生物安全風險較低的假病毒標準品，完美的克服了選擇體外轉錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標準品的缺點，非常適合用于核酸診斷性能評價的標準品。 構建過程：SARS基因合成→假病毒包裝→純化→QC檢測（ddPCR） |
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| III. 產(chǎn)品介紹 | |
| 產(chǎn)品名稱: | SARS-Panel Pseudovirus Standard Reference |
| 對應序列（詳情見附錄）: |
ORF1ab/RdRP（2795bp）、Gene M（666bp）、Gene N（1207bp）、Gene E（231bp） |
| 產(chǎn)品規(guī)格: | 1ml |
| 拷貝數(shù): | |
| 生物安全級別: | P2 |
| 運輸與保存方式: | 干冰運輸，-90 ~ -70°C保存 |
| IV. 產(chǎn)品用途與優(yōu)勢 | |
| 產(chǎn)品用途: | SARS診斷試劑盒性能評價 |
| 產(chǎn)品優(yōu)勢: | • SARS的假病毒標準品，區(qū)別于以往體外合成的RNA、臨床陽性活病毒，完美克服兩者的缺點，真正適合用于試劑盒的性能評價，包含檢測限、特異性，重復性等；
• 根據(jù)SARS冠狀病毒的特點，選取了ORF1ab/RdRP（RNA-dependent RNA polymerase）、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)、Gene M合計4個區(qū)段的序列，用于假病毒的包裝，4個區(qū)段很好的表征了SARS的特征序列； • 科佰生物設計了ddPCR體系的引物、探針序列，可不需要構建標準曲線的前提下完成對假病毒的QC拷貝數(shù)檢測，非常準確表征標準品的拷貝數(shù)，而且克服了Q-PCR分析CT值的相對判斷標準的不準確性； • 假病毒標準品，無致病性，可再生，質控方法可靠，批次間穩(wěn)定，可以長期穩(wěn)定制備和供應，而且要求實驗室生物安全級別為P2，滿足很多單位的安全需求。 |
| Ⅴ. 附錄 | |
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ORF1ab/RdRP: TCTGCGGATGCATCAACGTTTTTAAACGGGTTTGCGGTGTAAGTGCAGCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAGTACTGATGTCGTCTACAGGGCTTTTGATATTTACAACGAAAAAG TTGCTGGTTTTGCAAAGTTCCTAAAAACTAATTGCTGTCGCTTCCAGGAGAAGGATGAGGAAGGCAATTTATTAGACTCTTACTTTGTAGTTAAGAGGCATACTATGTCTAACTACCAACATG AAGAGACTATTTATAACTTGGTTAAAGATTGTCCAGCGGTTGCTGTCCATGACTTTTTCAAGTTTAGAGTAGATGGTGACATGGTACCACATATATCACGTCAGCGTCTAACTAAATACACAA TGGCTGATTTAGTCTATGCTCTACGTCATTTTGATGAGGGTAATTGTGATACATTAAAAGAAATACTCGTCACATACAATTGCTGTGATGATGATTATTTCAATAAGAAGGATTGGTATGACT TCGTAGAGAATCCTGACATCTTACGCGTATATGCTAACTTAGGTGAGCGTGTACGCCAATCATTATTAAAGACTGTACAATTCTGCGATGCTATGCGTGATGCAGGCATTGTAGGCGTACTGA CATTAGATAATCAGGATCTTAATGGGAACTGGTACGATTTCGGTGATTTCGTACAAGTAGCACCAGGCTGCGGAGTTCCTATTGTGGATTCATATTACTCATTGCTGATGCCCATCCTCACTT TGACTAGGGCATTGGCTGCTGAGTCCCATATGGATGCTGATCTCGCAAAACCACTTATTAAGTGGGATTTGCTGAAATATGATTTTACGGAAGAGAGACTTTGTCTCTTCGACCGTTATTTTA AATATTGGGACCAGACATACCATCCCAATTGTATTAACTGTTTGGATGATAGGTGTATCCTTCATTGTGCAAACTTTAATGTGTTATTTTCTACTGTGTTTCCACCTACAAGTTTTGGACCAC TAGTAAGAAAAATATTTGTAGATGGTGTTCCTTTTGTTGTTTCAACTGGATACCATTTTCGTGAGTTAGGAGTCGTACATAATCAGGATGTAAACTTACATAGCTCGCGTCTCAGTTTCAAGG AACTTTTAGTGTATGCTGCTGATCCAGCTATGCATGCAGCTTCTGGCAATTTATTGCTAGATAAACGCACTACATGCTTTTCAGTAGCTGCACTAACAAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCA AACCCGGTAATTTTAATAAAGACTTTTATGACTTTGCTGTGTCTAAAGGTTTCTTTAAGGAAGGAAGTTCTGTTGAACTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGCAACGCTGCTATCAGTG ATTATGACTATTATCGTTATAATCTGCCAACAATGTGTGATATCAGACAACTCCTATTCGTAGTTGAAGTTGTTGATAAATACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCCAACCAAG TAATCGTTAACAATCTGGATAAATCAGCTGGTTTCCCATTTAATAAATGGGGTAAGGCTAGACTTTATTATGACTCAATGAGTTATGAGGATCAAGATGCACTTTTCGCGTATACTAAGCGTA ATGTCATCCCTACTATAACTCAAATGAATCTTAAGTATGCCATTAGTGCAAAGAATAGAGCTCGCACCGTAGCTGGTGTCTCTATCTGTAGTACTATGACAAATAGACAGTTTCATCAGAAAT TATTGAAGTCAATAGCCGCCACTAGAGGAGCTACTGTGGTAATTGGAACAAGCAAGTTTTACGGTGGCTGGCATAATATGTTAAAAACTGTTTACAGTGATGTAGAAACTCCACACCTTATGG GTTGGGATTATCCAAAATGTGACAGAGCCATGCCTAACATGCTTAGGATAATGGCCTCTCTTGTTCTTGCTCGCAAACATAACACTTGCTGTAACTTATCACACCGTTTCTACAGGTTAGCTA ACGAGTGTGCGCAAGTATTAAGTGAGATGGTCATGTGTGGCGGCTCACTATATGTTAAACCAGGTGGAACATCATCCGGTGATGCTACAACTGCTTATGCTAATAGTGTCTTTAACATTTGTC AAGCTGTTACAGCCAATGTAAATGCACTTCTTTCAACTGATGGTAATAAGATAGCTGACAAGTATGTCCGCAATCTACAACACAGGCTCTATGAGTGTCTCTATAGAAATAGGGATGTTGATC ATGAATTCGTGGATGAGTTTTACGCTTACCTGCGTAAACATTTCTCCATGATGATTCTTTCTGATGATGCCGTTGTGTGCTATAACAGTAACTATGCGGCTCAAGGTTTAGTAGCTAGCATTA AGAACTTTAAGGCAGTTCTTTATTATCAAAATAATGTGTTCATGTCTGAGGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCACGAATTTTGCTCACAGCATACAATGCTAGTTA AACAAGGAGATGATTACGTGTACCTGCCTTACCCAGATCCATCAAGAATATTAGGCGCAGGCTGTTTTGTCGATGATATTGTCAAAACAGATGGTACACTTATGATTGAAAGGTTCGTGTCAC TGGCTATTGATGCTTACCCACTTACAAAACATCCTAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCACTTGTATTTACAATACATTAGAAAGTTACATGATGAGCTTACTGGCCACATGTTGGACATGT ATTCCGTAATGCTAACTAATGATAACACCTCACGGTACTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCACATACAGTCTTGCAG
Gene M： ATGGCAGACAACGGTACTATTACCGTTGAGGAGCTTAAACAACTCCTGGAACAATGGAACCTAGTAATAGGTTTCCTATTCCTAGCCTGGATTATGTTACTACAATTTGCCTATTCTAATCGG AACAGGTTTTTGTACATAATAAAGCTTGTTTTCCTCTGGCTCTTGTGGCCAGTAACACTTGCTTGTTTTGTGCTTGCTGCTGTCTACAGAATTAATTGGGTGACTGGCGGGATTGCGATTGCA ATGGCTTGTATTGTAGGCTTGATGTGGCTTAGCTACTTCGTTGCTTCCTTCAGGCTGTTTGCTCGTACCCGCTCAATGTGGTCATTCAACCCAGAAACAAACATTCTTCTCAATGTGCCTCTC CGGGGGACAATTGTGACCAGACCGCTCATGGAAAGTGAACTTGTCATTGGTGCTGTGATCATTCGTGGTCACTTGCGAATGGCCGGACACTCCCTAGGGCGCTGTGACATTAAGGACCTGCCA AAAGAGATCACTGTGGCTACATCACGAACGCTTTCTTATTACAAATTAGGAGCGTCGCAGCGTGTAGGCACTGATTCAGGTTTTGCTGCATACAACCGCTACCGTATTGGAAACTATAAATTA AATACAGACCACGCCGGTAGCAACGACAATATTGCTTTGCTAGTACAGTAA
Gene N: ATGTCTGATAATGGACCCCAATCAAACCAACGTAGTGCCCCCCGCATTACATTTGGTGGACCCACAGATTCAACTGACAATAACCAGAATGGAGGACGCAATGGGGCAAGGCCAAAACAGCGC CGACCCCAAGGTTTACCCAATAATACTGCGTCTTGGTTCACAGCTCTCACTCAGCATGGCAAGGAGGAACTTAGATTCCCTCGAGGCCAGGGCGTTCCAATCAACACCAATAGTGGTCCAGAT GACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCCGACGAGTTCGTGGTGGTGACGGCAAAATGAAAGAGCTCAGCCCCAGATGGTACTTCTATTACCTAGGAACTGGCCCAGAAGCTTCACTTCCC TACGGCGCTAACAAAGAAGGCATCGTATGGGTTGCAACTGAGGGAGCCTTGAATACACCCAAAGACCACATTGGCACCCGCAATCCTAATAACAATGCTGCCACCGTGCTACAACTTCCTCAA GGAACAACATTGCCAAAAGGCTTCTACGCAGAGGGAAGCAGAGGCGGCAGTCAAGCCTCTTCTCGCTCCTCATCACGTAGTCGCGGTAATTCAAGAAATTCAACTCCTGGCAGCAGTAGGGGA AATTCTCCTGCTCGAATGGCTAGCGGAGGTGGTGAAACTGCCCTCGCGCTATTGCTGCTAGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGCAAAGTTTCTGGTAAAGGCCAACAACAACAAGGCCAAACT GTCACTAAGAAATCTGCTGCTGAGGCATCTAAAAAGCCTCGCCAAAAACGTACTGCCACAAAACAGTACAACGTCACTCAAGCATTTGGGAGACGTGGTCCAGAACAAACCCAAGGAAATTTC GGGGACCAAGACCTAATCAGACAAGGAACTGATTACAAACATTGGCCGCAAATTGCACAATTTGCTCCAAGTGCCTCTGCATTCTTTGGAATGTCACGCATTGGCATGGAAGTCACACCTTCG GGAACATGGCTGACTTATCATGGAGCCATTAAATTGGATGACAAAGATCCACAATTCAAAGACAACGTCATACTGCTGAACAAGCACATTGACGCATACAAAACATTCCCACCAACAGAGCCT AAAAAGGACAAAAAGAAAAAGACTGATGAAGCTCAGCCTTTGCCGCAGAGACAAAAGAAGCAGCCCACTGTGACTCTTCTTCCTGCGGCTGACATGGATGATTTCTCCAGACAACTTCAAAAT TCCATGAGTGGAGCTTCTGCTGATTCAACTCAGGCATAA
Gene E: atgtactcattcgtttcggaagaaacaggtacgttaatagttaatagcgtacttctttttcttgctttcgtggtattcttgctagtcacactagccatccttactgcgcttcgattgtgtgcg tactgctgcaatattgttaacgtgagtttagtaaaaccaacggtttacgtctactcgcgtgttaaaaatctgaactcttctgaaggagttcctgatcttctggtctaa |
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